Pandev je fudbal učio u omladinskoj školi FK Belasica iz rodne Strumice. Za prvi tim je igrao u sezoni 2000/01, kada je u makedonskoj prvoj ligi upisao 18 utakmica i 6 golova.

Kada je Inter ponudio ugovor, Belasica ga je pustila, a Pandev je to kasnije opisao kao presudan trenutak: iz Makedonije je otišao sa 18 godina.

Italija: put kroz Spezia i Ankonu
Dolazak u Inter 2001. nije bio garancija mesta u prvom timu. Pandev u tom periodu nije odigrao nijednu zvaničnu utakmicu za Inter, već je pozajmljen Speciji (Serija C1, 22 utakmice, 4 gola), a zatim Ankoni, gde je u Seriji A odigrao 20 utakmica.

Svoj prvi nastup u Seriji A upisao je 2. novembra 2003., u remiju Ankone i Sijene (0:0).

Lazio: pet godina i prvi veliki pehar
Od 2004. do 2009. bio je jedan od ključnih igrača Lacija, sa kojim je osvojio Kup Italije 2008/09, a odigrao je 159 utakmica u prvenstvu i postigao 48 golova. Najbolja sezona mu je bila 2007/08, kada je u Seriji A zabio 14 golova.

Pobuna u Rimu i trostruka kruna u Milanu
Ono što mnogi ne znaju je da je Pandev napustio Lacio u sporu sa predsednikom kluba Klaudiom Lotitom. Pandev je tražio odlazak, a klub ga je isključio iz tima.

U decembru 2009. liga je presudila u Pandevu korist i poništila mu ugovor, a on je 4. januara 2010. potpisao za Inter. Već u istoj sezoni (2009/10) pod Žoze Murinjom Inter je osvojio Serie A, Kup Italije i Ligu šampiona (finale u Madridu, 22. maja 2010).

U kasnijem intervjuu Pandev je rekao da su mu dva najdraža trenutka u karijeri osvajanje Lige šampiona sa Interom i plasman reprezentacije na Euro 2020.

Napoli, Istanbul i Đenova
 U Napoliju je igrao od 2011. do 2014. (prvo na pozajmici) i osvojio Kup Italije 2011/12 i 2013/14. U Turskoj je u Galatasaraju (2014/15) osvojio ligu i kup, a od 2015. do januara 2022. igrao je za Đenovu, gde je u prvenstvu odigrao 176 utakmica i postigao 28 golova.

Karijeru je završio u Parmi (Serie B), a 22. septembra 2022., sa 39 godina, i zvanično se oprostio od fudbala.

Gol koji se nikad neće zaboraviti
Reprezentaciju je predvodio kao kapiten, a 12. novembra 2020. u Tbilisiju postigao je jedini gol u 56. minutu u baražu protiv Gruzije.

Taj gol je Severnu Makedoniju poslao na prvi veliki turnir u istoriji, nepunih 27 godina posle prve utakmice (4:1 protiv Slovenije, 13. oktobra 1993, kada je Pandev imao deset godina). UEFA je taj gol opisala kao najvažniji u istoriji makedonskog fudbala.

Na samom Euru 2020, 13. juna 2021. u Bukureštu, protiv Austrije (3:1 za Austriju) Pandev je postigao prvi gol Severne Makedonije na velikom turniru. Imao je 37 godina i 321 dan, što ga čini drugim najstarijim strelcem u istoriji Evropskih prvenstava.

Posle poslednje utakmice grupe, protiv Holandije u Amsterdamu (0:3), oprostio se od reprezentacije, nakon 122 nastupa i 38 golova, uz špalir saigrača.

Zanimljivosti
 · 21. aprila 2021. (po nekim izvorima 22.) postao je prvi Makedonac sa 100 golova u jednoj od pet najjačih evropskih liga. U Seriji A završio je karijeru sa 101 golom u 493 utakmice.
 · Za reprezentaciju je igrao 20 godina, od 2001. do 2021.
 · Još 2010. u rodnoj Strumici osnovao je Akademiju Pandev, školu fudbala koja je kasnije postala poznata pod imenom AP Brera Strumica.
 · Fudbal je igrao u Italiji više od dve decenije.

Priča Gorana Pandeva podseća da veliki put nikad nije ravan. Za mladog igrača iz male sredine, put do vrha znači i pozajmice u nižim ligama, spor sa klubom i ponovno traženje svog mesta. Ko ne odustane, može, kao on, da osvoji Evropu i da svojoj zemlji podari trenutak koji se pamti generacijama.